معاونت دانشجويي و فرهنگي با تنوع كاري و حوزه عملياتي بسيار وسيع از ستادي ترين معاونتهاي دانشگاهي مي باشد كه ارتباط بسيار نزديك با مسائل فرهنگي ,معيشتي ,رفاهي و بهداشتي دانشجويان دارد و تعداد بسيار زيادي از دانشجويان را زير پوشش فعاليتهاي خود قرار مي دهد . اين معاونت متشكل از مديريت خدمات دانشجويي ,اداره فرهنگي و فوق برنامه , اداره تربيت بدني به انضمام مركز مشاوره با زير مجموعه هاي اداري و شرح وظايف مصوب داراي اختيارات ستادي مي باشد .
اهداف معاونت آموزشي دانشگاه علوم و فنون دريايي خرمشهر ، تربيت و آموزش دانشجويان در مقاطع مختلف تحصيلي ، جذب اعضاي هيات علمي توانمند و ارتقاء دانش و مهارت هاي ايشان به روش هاي علمي ، در جهت تامين نيازهاي جامعه به نيروي انساني كارآمد مي باشد.در اين راستا ضمن استفاده از اطلاعات موجود و نظرات كارشناسان عالي دانشگاه اقدام به برنامه ريزي نموده و با بازنگري و تدوين قوانين ، زمينه هاي پويا ، در جهت تامين نيازهاي اساسي ، جديد و واقعي دانشگاه فراهم مي آورد. حوزه معاونت آموزشي با برنامه ريزي در جهت ارتقاء شاخص هاي كيفي و كمي در حيطه آموزش ، نقش موثري در رتبه بندي و اعتبار سنجي دانشگاه علوم و فنون دريايي خرمشهر ، ايفا مي نمايد.استفاده از يافته هاي پژوهش هاي كاربردي در حيطه آموزش و يادگيري اين معاونت را در جهت جلب رضايت مراجعين و ساير استفاده كنندگان خدمات آموزشي ياري مي رساند.
 معاونت پژوهشي و فناوري دانشگاه علوم و فنون دريايي خرمشهر به منظور ساماندهي به فعاليتهاي پژوهشي و علمي اعضاي هيات علمي و دانشجويان ,‌ تمامي تلاش خود را معطوف به محوري نمودن پژوهش در همه امور با هدف توليد علم و فناوري نموده است.
معاونت پژوهشي دانشگاه باتوجه به رسالت اصلي خود که همانا سياست گذاري در زمينه فعاليت هاي پژوهشي دانشگاه مي باشد با همکاري مديريت پژوهشي و فناوري و مديريت هاي تابعه و در چارچوب فعاليتهاي تعريف شده و وظايف آنها جهت نيل به اهداف خود در قالب شوراي پژوهشي که اعضاي آن متشکل از اعضاي هيات علمي ميباشند در زمينه مسائل مطرح شده به هم فکري و شور پرداخته و سپس تصميم گيري مينمايد.
معاونت اداري و مالي دانشگاه مسئوليت نظارت بر اجراي امور اداري و پيش بيني بودجه و نيازهاي نيروي انساني دانشگاه، قراردادهاي ساختماني، تاسيساتي و خدماتي دانشگاه را داشته و بعبارت كلي بر روي امور اداري و مالي و حقوقي دانشگاه جهت تحقق اهداف آن نظارت دارد.
دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر از بین موسسات و مراکز آموزش عالی کشور به جهت تخصصی بودن گرایشهای تحصیلی آن در کل منطقه از جایگاهی ویژه برخوردار است. این دانشگاه برای اولین بار در سال 1355 (ه .ش) در منطقه ای همجوار با بندر خرمشهر و بنام دانشکده علوم دریایی (تاسیس و مشغول فعالیتهای پژوهشی) گردید. این دانشکده پس از جنگ تحمیلی واز سال 1370 با پذیرش بیش از 10 نفر دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد در دو رشته فیزیک دریا و بیولوژی ماهیان دریا و بعنوان دانشکده ای از دانشگاه شهید چمران اهواز رسما فعالیت آموزشی، علمی – پژوهشی خود را آغاز نمود. پس از فعالیتها وتلاشهای شبانه روزی و با خواست وزارت و هيأت دولت محترم دانشگاه در سال 1382 وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از دانشگاه شهید چمران اهواز منفک و به عنوان دانشگاه علوم و فنون دريايي خرمشهر مستقل گردید.